孙元衡，字湘南，中国清朝官员，安徽桐城人。孙元衡为贡生出身，康熙四十四年（1705年）台湾府海防补盗同知。次年接替病逝于任内的毛殿飏，担任诸罗县知县。康熙四十六年（1707年）改任台湾府台湾县知县。1703年（大清康熙42年），孙元衡完成《赤崁集》。尝为台湾同知。终东昌府知府。元衡工诗，多纪海外土风物产，颇逞才气。